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La collection des Vélins, un ensemble de près de 7000 gouaches et aquarelles représentant fleurs et animaux, est un précieux patrimoine que partagent l'art et la science. La constitution de ce riche ensemble remonte à la période où l'observation et la description s'inscrivent profondément dans les sciences de la nature. De la fin du XVIIe siècle, moment où la collection est rattachée au Jardin royal, jusqu'au milieu du XIXe siècle environ, la production de ces images reste toujours liée à un processus scientifique. Gaston d'Orléans, frère de Louis XIII, est à l'origine de cette entreprise. Grand collectionneur, passionné de plantes, il entretient, avec l'aide des botanistes Abel Brunyer et Robert Morison, un vaste jardin botanique au château de Blois. Pour compléter le catalogue des plantes rares que ces derniers rédigent, Gaston d'Orléans engage dans le deuxième quart du XVIIe siècle le peintre et graveur Nicolas Robert qui les reproduira d'après le naturel. À sa mort, en 1660, le Prince possède ainsi plusieurs grands portefeuilles in-folio remplis de peintures sur vélin, répertoriant fleurs, plantes rares et oiseaux de ses volières. La série est léguée à Louis XIV et attire l'attention de Colbert, qui convainc le roi de faire continuer la collection. À la création du Muséum d'histoire naturelle en 1793, la collection est transportée dans le nouvel établissement, qui s'engage à la poursuivre, moyennant quelques évolutions notables, notamment la spécialisation des peintres entre la botanique et la zoologie. La création de la Ménagerie cettte année-là va d'ailleurs favoriser l'illustration de sujets zoologiques variés et exotiques. Les vélins sont plus que jamais de véritables outils au service de la science et la collection connaît une croissance importante : de 5321 pièces en 1809, elle passe à plus de 6000 en 1850. Et ce sont les scientifiques, réunis en assemblée des professeurs, qui décident des sujets à traiter et de l'entrée ou non d'un vélin dans la collection. Liée aux évolutions des méthodes et de la pensée scientifique, la collection des vélins voit sa production se ralentir à partir de la seconde moitié du XIXe siècle. Elle sera tout de même enrichie jsuqu'en 1905, date à laquelle la production s'arrête, faute de budget ; elle sera remplacée partiellement par la photographie.

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